I materiali del Museo Archeologico sono per lo più esposti.
Le prime 10 sale del percorso documentano la continuità di vita di Padova e dell’agro patavino dalla protostoria all’età romana. Le successive sono dedicate alla collezione egizia, alle ceramiche etrusche, greche e magnogreche, alle gemme antiche e moderne.
Il materiali architettonici di epoca romana sono esposti nel Lapidario.
Una parte del patrimonio è conservata nel deposito annesso al Museo.