I materiali del Museo Archeologico sono per lo più esposti. Le prime 10 sale del percorso documentano la continuità di vita di Padova e dell’agro patavino dalla protostoria all’età romana. Le successive sono dedicate alla collezione egizia, alle ceramiche etrusche, greche e magnogreche, alle gemme antiche e moderne. I materiali architettonici di epoca romana sono esposti nel Lapidario. Una parte del patrimonio è conservata nel deposito annesso al Museo.