Il percorso espositivo inizia con la storia della città dei Veneti antichi, il cui arco cronologico si estende dall’VIII al I secolo a.C. Da allora la città viene inglobata nel mondo romano.
Apre il percorso la “Tomba dei vasi borchiati” (VIII-VII secolo a.C.), caratterizzata da un eccezionale corredo fittile e bronzeo che testimonia il prestigio sociale della coppia di defunti cui la tomba apparteneva.
Unica per importanza è la serie di stele venetiche, monumenti funerari tipici della Padova preromana. Tra queste spiccano la stele di Camin (VI secolo a.C.) in cui è raffigurata una scena di commiato tra due coniugi, e quella di Ostiala Gallenia (I secolo a.C.), simbolo del processo di romanizzazione.
Ricchissime le sezioni dedicate alla Via Annia e a Padova romana, caratterizzate da corredi funerari, ritratti, statue, rilievi, are votive e oggetti della vita quotidiana. Molto belli il raffinato cippo della giocoliera e mima Claudia Toreuma (I secolo d.C.), il busto di Sileno (II secolo d.C.) e la monumentale edicola funeraria dei Volumnii riferibile all’età augustea. Numerosi i mosaici, esposti a pavimento o in rastrelliera.
Nelle sale egizie spiccano le due statue della dea Sekhmet con testa leonina, dono alla città dell’esploratore padovano Giovanni Battista Belzoni. Nella prima sala egizia è conservato anche un rarissimo esemplare di statuetta mesopotamica risalente al IV millennio a.C.
Altre sale sono riservate ai materiali greci, etruschi, italioti e a una ricca collezione di gemme antiche e moderne.
Nel chiostro è collocata la collezione lapidaria di epoca romana, costituita da colonne, trabeazioni, capitelli, fregi ed elementi architettonici provenienti da recuperi e scavi realizzati nel centro di Padova.