I materiali del Museo d'Arte Medioevale e Moderna appartengono a differenti tipologie. Nella Pinacoteca agli Eremitani è esposta una selezione di dipinti, di bronzetti e placchette e di sculture dal Medioevo fino al Settecento, mentre nel chiostro minore è allestito il lapidario formato da pezzi che vanno dal Medioevo sino alla caduta della Repubblica Veneta.
A Palazzo Zuckermann trovano sistemazione le collezioni di arti applicate e decorative: accessori d'abbigliamento (per lo più bastoni, tabacchiere, ventagli, bottoni, fibbie), argenti e bronzi, armi, avori, ceramiche, gioielli, merletti, mobili, oggetti orientali, tessuti, vetri. Gli oggetti esposti permettono di calarsi nello spirito delle varie epoche e di cogliere l'evoluzione del gusto, facendo percepire i rapporti fra i differenti ambiti di produzione.
Una parte dei materiali è conservata nei depositi.