Situato in una delle più antiche zone della città, l'Oratorio sorge sull'area destinata alle sepolture, antistante la chiesa di S. Lucia, che era stata donata alla fraglia dei SS. Rocco e Lucia. Nel 1476 la Confraternita di S. Rocco acquisì un fabbricato per le riunioni del capitolo. Nel 1525 ebbe inizio le realizzazione dell'attuale edificio; i lavori terminarono nel 1542, anno in cui il vescovo benedì l'Oratorio.

L'edificio è costituito da due sale sovrapposte, con pianta a rettangolo irregolare ed è aperto su due lati. La sala inferiore rappresenta l'antica cappella con l'altare collocato sulla parete di fronte all'ingresso.

Le pareti della sala inferiore sono completamente affrescate: le scene, che illustrano alcuni episodi della vita di San Rocco, sembrano svolgersi oltre un colonnato e le aperture della sala (finestre e oculi) sono incorporate nella composizione pittorica.

Il ciclo, che alterna scene paesaggistiche, interni domestici, architetture, sormontate da fregi con decorazioni a grottesche, venne realizzato tra il 1536 ed il 1545 da Domenico Campagnola (Venezia 1500 - Padova 1564), Girolamo Tessari detto dal Santo (Padova 1480 ca - dopo il 1561), Gualtiero Padovano (Padova 1510 ca –Padova 1552) , Stefano Dall'Arzere (documentato a Padova dal 1540 al 1564).

A seguito di lunghe trattative con lo Stato, l'Oratorio passò al Comune di Padova, che contribuì alle spese necessarie per i restauri che vennero eseguiti tra il 1926 ed il 1929. Venne rifatto l'intonaco della facciata, all'interno fu necessario procedere al rifacimento in cemento del soffitto delle volte, sul quale il pittore Cherubini riprodusse l'originaria decorazione. Interventi a sostegno delle travature vennero effettuati sul soffitto della sala inferiore.
Una successiva campagna di restauri, per rispondere alle necessità più urgenti, si svolse nel 1950. In questa occasione furono staccati, puliti e ricollocati circa venti metri quadrati di affresco a destra dell'altare. Ulteriori restauri, che hanno portato il ciclo all'aspetto attuale, si sono svolti nel 1984, 1995, 2014.

Al piano superiore dell’edificio si trova la sala del Capitolo, che presenta un apparato decorativo più semplice rispetto all’ambiente sottostante. Nella parete di fondo della sala è collocato l’elemento più significativo, il Dossale d’altare con san Rocco tra le sante Barbara e Lucia, fiancheggiato da due scene della vita di quest’ultima. Commissionato nel 1535 a Tiziano Aspetti detto Minio (Padova, 1511/1512 circa–1552) e collocato nella sua sede originaria l’anno successivo, il dossale costituisce il primo lavoro autonomo dello scultore padovano. L’imponente manufatto (circa quattro metri sia in altezza che in larghezza), realizzato in stucco forte di polvere di marmo e di calce e impreziosito da dorature, si presenta in forma di polittico con quattro ordini di decorazione: nella parte principale, entro nicchie, sono collocate le grandi statue dei santi Rocco, Barbara e Lucia; sotto la trabeazione, ornata con volute fitomorfe e mascheroni, vi sono tre riquadri con Dio Padre e l’Annunciazione, mentre la predella, anch’essa tripartita, mostra un rilievo (san Rocco e l’angelo) nel campo centrale. Gli affreschi laterali - Santa Lucia dinanzi al giudice e Santa Lucia fa l’elemosina - sono opera di Stefano Dall’Arzere (Padova, notizie dal 1540 al 1575), che li realizzò nel 1559.