L'aspetto attuale in cui si presenta lo storico edificio padovano è il frutto di drastici interventi, che alterarono definitivamente la fisionomia architettonica dell'antica chiesa dedicata a San Michele e ai Santi Arcangeli, le cui origini risalirebbero ad un arco temporale compreso tra il VI e la seconda metà del VII secolo.

La Cappella di Santa Maria fu eretta a seguito di un incendio, avvenuto durante l'assedio del vicino Castello nel corso della riconquista di Padova ai Visconti da parte dell'ultimo Signore, Francesco II Novello da Carrara.

L'esecuzione del ciclo pittorico, ispirati al ciclo mariano, risale alla fine del XIV secolo per opera di Jacopo da Verona I soggetti rappresentati sono Annunciazione, Natività e Adorazione dei magi, Ascensione, Pentecoste, Morte della Vergine e San Michele. Nel sottarco della cappella busti di Evangelisti e Dottori della Chiesa. Una lapide ancora in sito conferma la paternità di Jacopo da Verona e testimonia che la Cappella fu voluta nel 1397 da Piero, figlio di Bartolomeo de Bovi, cugino di Piero di Bonaventura, ufficiale della zecca dei Carraresi.

Dagli affreschi emerge la figura di un pittore eclettico, che accanto agli elementi derivati dalla formazione presso Altichiero, della cui arte offre una visione più domestica, ne accoglie altri presi da Giotto, Avanzi e Giusto Menabuoi. Il tono borghese e, si potrebbe dire, quotidiano della decorazione si contrappone alle eleganze aristocratiche che avevano caratterizzato la cultura figurativa cittadina negli anni immediatamente precedenti. Ancora una volta è particolarmente insistente l'attenzione ritrattistica nelle scene dell'Adorazione dei Magi e della Dormitio Virginis. In quest'ultima compaiono personaggi che sono stati variamente identificati in Petrarca, Francesco il Vecchio e Francesco II Novello da Carrara e lo stesso Bovi raffigurato a capo scoperto in primo piano.

Per quanto riguarda la decorazione della navata, sono ancora conservati alcuni lacerti di affreschi databili ala XV secolo tra cui una Deposizione e una raffigurazione di San Paolo, opere attribuite a Stefano dall'Arzere o Domenico Campagola. L'attuale edificio è frutto di un ampliamento ottocentesco.